生态工程将水体复合生态系统作为一个整体。不仅考虑某一方面、项目或措施的简单结果
，应按社会
、经济
、自然的具体条件，顾及前因后果的连锁反应
，上游与下游的物质（原料、产品和废物等）
、能量、信息等的输入、迁移
、转化、输出等流动和循环途径和量，将多项目、多种技术、多种措施、多个环节有机组合与优化
，协调系统中各环节间的定性和定量的合理关系，联结成相互联系，互利共生的系统
，发挥整体功能
。 因类、因地制宜地根据具体水体复合生态系统的主次功能和问题
，统一规划
，统筹兼顾。通过生态设计、生态工程与生态管理
，将单一的生物环节、物理环节、经济环节和社会环节组装成一个有强生命力的生命系统，调节系统的主导性与多样性，开放性与自主性
，灵活性与稳定性，使生态学的竞争、共生
、再生和自生原理得到充分的体现。

水体生态修复工作在我国才刚起步，尚未建立一套完善的设计规范和评估标准。目前对生态治理的理解比较浮浅
，甚至片面
。有人认为种一些水生植物
、投入一些微生物或放养部份水生动物或是增加几处园林水景等就是水域的生态治理
，这些虽是生态修复的内容之一，但不是生态修复的目标
。生态修复的总目标是可持续发展。水域可持续发展内涵包括：经济的持续增长、资源的永续利用、方法的正确合理
、人与自然的调谐
、生物间和谐共生
、水体活力的维系。

　　⑴调谐好水体中食物链（网）各环节间的比量关系
，使水体中的物质流

、能量流不至于在某环节上中断或积累
，以至造成生态阻滞
。

　　⑵根据某一水体的生态承载能力
，通过生态工程的治理使营养物质的输入小于输出
，并逐渐达到平衡。

　　⑶在生态学原理指导下，充分发挥生态系统本身的自组织作用和自我恢复功能，使水体进入良性循环，最终达到人与自然和谐相处
，人口
、资源、环境协调发展。